DNA復(fù)制
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DNA復(fù)制是指DNA雙鏈在細胞分裂分裂間期進行的以一個親代DNA分子為模板合成子代DNA鏈的過程。復(fù)制的結(jié)果是一條雙鏈變成兩條一樣的雙鏈（如果復(fù)制過程正常的話），每條雙鏈都與原來的雙鏈一樣（排除突變等不定因素）。
DNA復(fù)制是一種在所有的生物體內(nèi)都會發(fā)生的生物學過程，是生物遺傳的基礎(chǔ)。對于雙鏈DNA，即絕大部分生物體內(nèi)的DNA來說，在正常情況下，這個過程開始于一個親代DNA分子,最后產(chǎn)生出兩個相同的子代DNA分子。親代雙鏈DNA分子的每一條單鏈都被作為模板，用以合成新的互補單鏈，這一過程被稱為半保留復(fù)制。細胞的校正機制確保了DNA復(fù)制近乎完美的準確性。
在細胞當中，DNA復(fù)制起始于基因組的特殊位點，稱為“起始位點”。起始于起始位點的DNA解鏈和新鏈的合成會形成復(fù)制叉。除了DNA聚合酶外，一些酶通過添加和模板相配的核苷酸來合成新DNA,一些和復(fù)制叉連接的其他蛋白對DNA的復(fù)制起始和延伸起輔助作用。
DNA復(fù)制也可以在體外（即人工地）進行，從細胞中分離的DNA聚合酶和人造的DNA復(fù)制引物可以用來啟動以已知序列的DNA分子為模板的復(fù)制，聚合酶鏈式反應(yīng)（PCR）是一種常見的實驗室技術(shù)，這種采用了循環(huán)方式的人工合成，在一個DNA池中擴增出特定的DNA片段。
此時，原本呈雙螺旋結(jié)構(gòu)的兩條鏈已經(jīng)打開，并且每一條單鏈都作為下一條新鏈的模板。各個核苷酸按照堿基互補配對原則被合成新的堿基對。
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DNA的結(jié)構(gòu)
DNA通常是一個雙鏈的結(jié)構(gòu)，兩條單鏈互相盤繞從而表現(xiàn)出雙螺旋結(jié)構(gòu)。脫氧核糖核苷酸是DNA的單體。DNA的每一條單鏈都是由四種堿基不同的脫氧核糖核苷酸構(gòu)成的，這四種堿基即：腺嘌呤（A)、胞嘧啶（C)、鳥嘌呤（G）和胸腺嘧啶（T）。一個核苷酸可以是一磷酸、二磷酸或者三磷酸的，也就是說，一個脫氧核糖連接著一個、兩個或者三個磷酸基團。每條單鏈中相鄰的脫氧核糖核苷酸都通過化學反應(yīng)生成磷酸二酯鍵相連接，以此形成了DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)中由磷酸基團和脫氧核糖組成的骨架，而骨架里面既是堿基對。兩條單鏈之間的核苷（即堿基）通過氫鍵形成堿基對相連。一般情況下，A只與T相連，而C只與G相連。
DNA鏈是具有方向性的，對于DNA的一條單鏈來說，它的兩個末端分別被命名為“3'端”和“5'端”。DNA兩條單鏈的結(jié)構(gòu)之所以被描述為“反向平行雙螺旋”，其中的“反向”即指兩條單鏈中，一條鏈的方向是從3'端到5'端，而另一條則相反，是從5’端到3’端。5和3指的是在一個脫氧核糖中連接著相鄰的磷酸基團的兩個碳原子。方向性對于DNA合成有重要的意義，因為在DNA合成的過程中，DNA聚合酶只能向3'端的方向添加新的脫氧核糖核苷酸。
DNA中兩條鏈的堿基是通過氫鍵連接實現(xiàn)一一配對的，這意味著一個DNA中的兩條單鏈都包含著完全相同的信息。這樣，一條單鏈中的核苷酸可以用來重建互補鏈中預(yù)期相對的核苷酸。
DNA聚合酶
在所有形式的DNA復(fù)制中，DNA聚合酶都是必需的一類酶。不過，一個DNA聚合酶只能根據(jù)模板鏈，延長已經(jīng)存在的DNA鏈，并不能直接開始合成一條新鏈以起始DNA復(fù)制。要起始DNA復(fù)制，必須先合成一小段與模板鏈配對的，被稱之為引物的DNA或者RNA鏈。
之后，DNA聚合酶會通過磷酸二酯鍵的連接，添加與模板鏈配對的核苷酸，從而向引物鏈的3'端方向合成DNA。每一個未結(jié)合的堿基都連著三個磷酸基，DNA合成的能量即來自于其中的兩個磷酸基。（自由的堿基和與之相連的磷酸基團統(tǒng)稱為三磷酸核苷）當一個核苷酸被添加到正在延長的DNA鏈上時，它的兩個磷酸基團將脫落，釋放的能量將會生成一個磷酸二酯鍵把剩下的磷酸基團和DNA鏈連接起來。這樣的能量機制也可以用來解釋復(fù)制的方向性——如果DNA是從5'端向3'端合成的話，那么能量就會通過5'端提供而不是自由的核苷酸了。
一般來說，DNA聚合酶是相當精準的，每添加10^7個核苷酸，發(fā)生的錯誤不超過一個。即使是這樣，有些DNA聚合酶也具有校正的能力，他們可以移除錯配的堿基。如果5'端核苷酸在校正的過程中需要被移除，那么三磷酸末端就會丟失。因此，用于提供添加新核苷酸的能量來源也就丟失了。!
預(yù)測和實驗
DNA復(fù)制是透過名為半保留復(fù)制的機制來得以順利完成的。半保留復(fù)制是由沃森與克里克所預(yù)測，并且由馬修·梅塞爾森（Matthew Meselson）和富蘭克林·斯塔爾（Franklin Stahl）于1958年進行研究而得以證實。
預(yù)測
沃森和克里克在提出DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)模型時就對DNA的復(fù)制過程進行了預(yù)測。由于DNA堿基對的配對原則，兩條鏈是互補的，因此，雙鏈中的任意一條鏈都含有完整的遺傳信息。沃森和克里克推測，在DNA復(fù)制過程中氫鍵首先斷裂，雙螺旋解旋并被分開，每條鏈分別作為模板各自合成一條新的互補鏈。這樣就產(chǎn)生了兩個與原來DNA分子的堿基順序一樣的新的DNA分子。而新DNA分子的一條鏈來自親代DNA分子，另一條鏈是新合成的，因此，這種復(fù)制方式稱為半保留復(fù)制。
實驗
1958年，馬修·梅塞爾森（Matthew Meselson）和富蘭克林·斯塔爾（Franklin Stahl）用同位素標記法和氯化銫密度梯度離心法證明了沃森和克里克的半保留復(fù)制模型。這個實驗被稱作梅塞爾森-斯達爾實驗。
過程
復(fù)制可以分為以下幾個階段：
- 起始階段：DNA解旋酶在局部展開雙螺旋結(jié)構(gòu)的DNA分子為單鏈，引物酶辨認起始位點，以解開的一段DNA為模板，按照5'到3'方向合成RNA短鏈。形成RNA引物。
- DNA片段的生成：在引物提供了3'-OH末端的基礎(chǔ)上，DNA聚合酶催化DNA的兩條鏈同時進行復(fù)制過程，由于復(fù)制過程只能由5'->3'方向合成，因此一條鏈能夠連續(xù)合成，另一條鏈分段合成，其中每一段短鏈成為岡崎片段（Okazaki fragments）。
- RNA引物的水解：當DNA合成一定長度后，DNA聚合酶水解RNA引物，補填缺口。
- DNA連接酶將DNA片段連接起來，形成完整的DNA分子。
最后DNA新合成的片段在旋轉(zhuǎn)酶的幫助下重新形成螺旋狀。
起始
細胞若要分裂，必先復(fù)制其DNA。這個過程在DNA上的一個特殊位點上開始，稱之為“起始位點，相關(guān)的酶作用于這個位點，DNA的雙鏈被分開，復(fù)制隨即開始。起始位點包含一段可以被復(fù)制啟動蛋白（比如大腸桿菌中的dnaA以及酵母菌中的起始點識別復(fù)合物）識別的DNA序列。這些啟動蛋白吸引其他的蛋白質(zhì)把DNA的雙鏈打開并開啟復(fù)制叉。
啟動蛋白吸引其他相關(guān)蛋白組成了前復(fù)制復(fù)合物，它可以在起始位點打開DNA鏈并形成一個泡。起始位點的序列傾向于富含A-T堿基對，這有益于啟動的實現(xiàn)，因為A-T堿基對只有兩條氫鍵相連（C-G堿基對有三個），一般來說，這樣的結(jié)構(gòu)使得打開雙鏈更加容易，因為氫鍵的數(shù)量越多則打斷它們需要的能量也越多。
所有已知的DNA復(fù)制系統(tǒng)在復(fù)制開始前都需要一個自由的3'羥基。現(xiàn)在已發(fā)現(xiàn)四種不同的復(fù)制機制。
- 所有的真核生物、許多DNA病毒、噬菌體和質(zhì)粒用引物酶合成一小段包含有一個自由3'羥基的RNA引物，DNA聚合酶隨后會順著3'羥基延長序列。
- 反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（包括反轉(zhuǎn)錄病毒）在反轉(zhuǎn)錄酶的輔作用下利用轉(zhuǎn)移RNA為DNA的復(fù)制延伸提供自由 3′ OH。
- 在腺病毒和細菌噬菌體 φ29家族中，DNA聚合酶將核苷酸添加到基因組附蛋白以合成新鏈，組成基因組附蛋白的氨基酸側(cè)鏈提供 3' OH。
- 在單鏈DNA病毒（包括環(huán)狀病毒、雙粒病毒、細小病毒以及其他單鏈DNA病毒）、許多噬菌體和質(zhì)粒中，采用環(huán)狀復(fù)制機制（RCR）。RCR內(nèi)切酶先在基因鏈上（對于單鏈病毒）或者DNA的一條鏈上(對于質(zhì)粒）制造一個缺口。缺口鏈的5'端被運送到核酸酶的酪氨酸殘基上，而自由的3'羥基端則被用作DNA聚合酶復(fù)制新鏈的起點。
這些機制中被了解最深入的是真核生物的復(fù)制機制。DNA首先解開螺旋，雙鏈被打開，RNA引物與模板鏈結(jié)合。特別來說，前導(dǎo)鏈的活動區(qū)域只結(jié)合一個RNA引物；而后隨鏈則結(jié)合幾個，這幾個RNA引物生成的斷斷續(xù)續(xù)的后隨鏈稱之為岡崎片段，以其發(fā)現(xiàn)者命名。
DNA聚合酶在合成前導(dǎo)鏈時是持續(xù)合成的，而在后隨鏈時卻是不連續(xù)合成的（這是因為合成的方向性，請參考岡崎片段）。RNA水解酶（RNase）會水解那些曾用于使DNA聚合酶起始復(fù)制的RNA片段,另一些DNA聚合酶會進去缺口并生成DNA填補缺口。當這一步完成時，前導(dǎo)鏈的一個缺口和后隨鏈的數(shù)個缺口都會被填補上。DNA連接酶將會填補這些缺口，從而完成新DNA分子的合成。
古菌、真核生物在這個過程中使用的引物酶，和細菌使用的有所不同。細菌用的引發(fā)酶屬于DnG蛋白質(zhì)超家族含有一個TOPRIM折疊型的催化域。TOPRIM折疊包含一個α/β核心和四條保守鏈，以羅斯曼拓撲結(jié)構(gòu)存在。這種結(jié)構(gòu)同時在許多酶的催化結(jié)構(gòu)域中發(fā)現(xiàn)，如拓撲異構(gòu)酶 I a,拓撲異構(gòu)酶II,OLD家族核酸酶，與RecR蛋白有關(guān)的DNA修復(fù)蛋白。
比較而言，古菌和真核生物中的引發(fā)酶含有高度派生的RNA識別模式。這種引發(fā)酶在結(jié)構(gòu)上和許多參與DNA復(fù)制與修復(fù)的酶相似，如：依賴于RNA的RNA聚合酶，反轉(zhuǎn)錄酶，核苷酸生成循環(huán)酶，A/B/Y家族的DNA聚合酶。所有這些蛋白質(zhì)共有一個催化機制：雙向金屬離子介導(dǎo)的核苷酸轉(zhuǎn)移，其中在第一條鏈末端和RRM-LIKE單位的第二條鏈和第三條鏈之間分別附著著兩個酸性核酸殘基，由二價陽離子螯合。
隨著DNA合成的繼續(xù)，原始DNA鏈繼續(xù)沿復(fù)制泡兩邊解旋，形成具有兩個叉子的復(fù)制叉結(jié)構(gòu)。在細菌的環(huán)形染色體上只有一個復(fù)制起始位點，復(fù)制過程最終形成一個θ結(jié)構(gòu)。比較起來，真核生物具有較長的線性染色體，可在多個位點進行復(fù)制起始。
復(fù)制叉
前導(dǎo)鏈
合成后的前導(dǎo)鏈作為新DNA的模板鏈，所以復(fù)制叉沿3'向5'移動。從而使新合成的鏈與原始鏈互補，在新鏈沿著5'到3'合成DNA，這和復(fù)制叉移動的方向相同。
在前導(dǎo)鏈上，一個聚合酶不斷地“閱讀”被復(fù)制的DNA并向前導(dǎo)鏈添加核苷酸。這個聚合酶就是原核生物中的DNA聚合酶Ⅲ（DNA Pol III）；在酵母菌中，推測是聚合酶ε。在人體細胞中，前導(dǎo)鏈和后隨鏈在細胞核中是由聚合酶α和聚合酶δ合成，在線粒體中由聚合酶 γ合成。在特殊情況下聚合酶ε可以替代聚合酶δ。
后隨鏈
后隨鏈是新DNA雙鏈的編碼鏈，所以復(fù)制叉沿5'向3'移動。因為它的方向性和DNA聚合酶Ⅲ從3'到5'的工作方向相反，復(fù)制過程在后隨鏈上比前導(dǎo)鏈更為復(fù)雜。
在后隨鏈上，引物酶“讀”DNA并添加數(shù)小段分開的RNA引物。在真核生物中引物酶是聚合酶α。DNA聚合酶Ⅲ或聚合酶δ延長引物片段，形成岡崎片段。之后引物的去除也由聚合酶α完成。而在原核細胞中，DNA聚合酶Ⅰ（DNA polymerase I）將RNA引物去除后再用對應(yīng)的脫氧核糖核苷酸替換。最后DNA連接酶再將片段連接起來。 ko
參考文獻
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